Águia de tamanho médio, com uma envergadura que varia entre o 1,5 metros e 1,8 metros, e com peso entre 1500 a 2400 gramas. Em adulta com plumagem escura nas asas, branca na parte inferior do corpo, e com uma mancha branca típica no centro do dorso (bem visível por ter penas muito escuras em redor). Tem uma banda negra na extremidade da cauda. Os juvenis têm uma plumagem totalmente distinta, com asas castanho escuras e restante corpo em tons castanho amarelados, cor de mel. Progressivamente, ao longo de 4 anos, vai adquirindo os padrões da plumagem adulta. Os sexos distinguem-se sobretudo pelo tamanho, cerca de 20 cm de diferença em termos de envergadura.
Em voo as águias de Bonelli adultas podem confundir-se com outras aves com plumagem branca (ou clara) no ventre como a Águia-calçada ou a Águia-cobreira. A identificação faz-se sobretudo pela detecção do contraste entre o branco do ventre e o negro das asas, muito nítido na Águia de Bonelli, mas também pela mancha branca dorsal e a observação do aspecto mais pesado do voo, planando em círculos comparativamente mais abertos e lentos. A grandes distâncias a sua silhueta distingue-se da Águia-real pelo facto de ter a ponta das asas ligeiramente dobrada para baixo (contrariamente à Á. real).
